بعد از انتخاب کریم باقری به عنوان مربی تیم ملی بعضی ها اذعان کردند او نباید همزمان هم در تیم پرسپولیس و هم تیم ملی حضور داشته باشد.

کریم باقری با توجه به اینکه تا پایان فصل با پرسپولیس قرارداد داشت گفته بود در تایم های تمرین و بازی های تیم ملی از پرسپولیس مرخصی می گیرد تا در اردوی تیم ملی حضور داشته باشد. قرار بود این وضعیت تا پایان فصل جاری لیگ برتر ادامه داشته باشد و او در پایان فصل به طور کامل در اختیار تیم ملی قرار گیرد.
جالب اینکه فدراسیون فوتبال در قراردادی که با مربیان تیم های ملی امضاء می کند مانع از فعالیت آنها در تیم های باشگاهی حتی به عنوان مشاور می شود. اما اکنون و با توجه به تعویق بازی های تیم ملی به نظر می رسد مشکل کریم باقری حل شده باشد. تا شروع تمرینات تیم ملی بازی های باشگاهی هم به پایان می رسد و در چنین شرایطی مربی تیم پرسپولیس بدون دغدغه ی خاطر می تواند در اردوی تیم ملی حاضر شود.
قرار بود بازی های تیم ملی در ماه های فروردین و خرداد برگزار شود اما اکنون به ماه های مهر و آبان موکول شده است و به طور حتم تا شروع بازی های تیم ملی لیگ برتر به پایان رسیده است و حتی فصل جدید بازی ها نیز آغاز شده است.
کریم باقری به تازگی از سوی اسکوچیچ به عنوان یکی از اعضای کادر فنی تیم ملی معرفی شده است. جالب اینکه مربی پرسپولیس در تازه ترین مصاحبه ای که در این باره داشته به این نکته اشاره کرده در دوره کارلوس کی روش فدراسیون فوتبال تمایل داشت او در کادر فنی تیم ملی حضور داشته باشد اما اینبار اسکوچیچ از وی برای حضور در کادر فنی تیم ملی دعوت کرده است.