فرگوسن در اوایل دهه 2000 رقابت جدی و پر تنشی با آرسن ونگر داشت و این دو تیم مدعیان اصلی کسب عنوان قهرمانی به حساب می‌آمدند.

فرگی حالا مدعی شده که تصمیم استادانه ونگر برای استفاده از آنری در وسط خط حمله آرسنال پس از حضور این بازیکن در شمال لندن باعث شد که جو یونایتد هم عوض شود.

او در مستند "آرسن ونگر: شکست‌ناپذیر" گفت:« جو تیم ما برای مدتی مسموم شد. تغییر بزرگی که آرسنال ایجاد کرد تغییر پست آنری بود. و گل‌هایی که به ثمر رسید... او فوق العاده بود. شما همیشه به آینه بغل نگاه می‌کنید تا ببینید چه کسی به دنبال شماست و وقتی کسی را می‌بینید شتاب می‌گیرید. آرسنال به دنبال ما بود و به اندازه کافی خوب بود که از ما پیشی بگیرد. هیچ تردیدی در این باره وجود ندارد.»

آنری، بازیکن تیم ملی فرانسه، موفق شد در 258 بازی لیگ برتر برای توپچی‌ها 175 گل به ثمر برساند. او همچنین نقش مهمی در جریان قهرمانی بدون شکست آرسنال در فصل 04-2003 ایفا کرد.

فرگوسن اعتراف کرد که این شاهکاری بود که او علیرغم تمامی جام‌هایی که به دست آورد، قادر به ثبت آن نشد. او گفت:« من 13 قهرمانی لیگ به دست آوردم اما هرگز نتوانستم یک فصل تمام شکست نخورم. این دستاوردی است که اهمیت بسیاری دارد و متعلق به آرسن ونگر است.»

فرگوسن و ونگر با وجود تمام درگیری و رقابت‌هایی که در کنار زمین داشتند، حالا دور از دنیای فوتبال رابطه خوبی با هم دارند. فرگوسن حتی در این مستند از نحوه برخورد آرسنال با ونگر و جدایی او از این تیم به شدت انتقاد کرد.