در همین مدت کوتاهی که از حضور فرهاد مجیدی و کادرش بر روی نیمکت استقلال گذشته است، تغییرات و پیشرفت در ایده و فرم بازی آبی‌ها قابل ردیابی است. ولی برخی از مشکلات بنیادین ابتدای فصل، همچنان استقلال را آزار می‌دهد.
کادرفنی استقلال در برابر ذوب‌آهن دوباره دست به تغییر سیستم زد و با آرایش۳-۵-۲ وارد مسابقه شد. محمد نادری و عارف غلامی دو مدافع مرکزی چپ و راست بودند که احمد موسوی و میلیچ را به عنوان وینگ بک روی دست خود داشتند. این تغییر سیستم که احتمالا آزمایشی برای بازی شهرآورد بود، استقلال مجیدی را صاحب رکوردی عجیب کرد.
فرهاد مجیدی در لیگ و آسیا تا به حال به تناوب ۵ چیدمان پایه را امتحان کرده است.
۴-۴-۲لوزی و باکس، ۴-۱-۴-۱، ۴-۳-۳، ۴-۲-۳-۱ و ۳-۵-۲.
واضح است که برای اجرای درست هر کدام از سیستم‌های بازی ساعت‌ها طراحی و تمرین مستمر لازم است، تا هم نقش‌ها و شعاع‌های حرکتی برای بازیکنان تفهیم شود و هم شکل و ساختار تیم در فازهای مختلف بازی، فرم صحیحی بگیرد. جملات شبیه این که سیستم‌ها فقط عدد هستند و فوتبال سیال شده است و... را باور نکنید. درست است که نقش‌ها و پست‌ها داینامیک‌تر و قابل انعطاف‌تر از گذشته شده‌اند ولی فوتبال در زمین واقعی همچنان با پلی استیشن بازی کردن از زمین تا آسمان متفاوت است. هیچ تیمی در لیگ‌های مهم اروپایی را پیدا نخواهید کرد که مثلا در ۱۰ بازی متوالی با ۵ سیستم کاملا متفاوت بازی کند. طراحی بازی در فازهای مختلف کاملا وابسته به چیدمان پایه است. بازیکنان برای تصمیم‌گیری در لحظات مختلف بازی احتیاج به شناخت ناخودآگاه از فضاها و موقعیت‌ بازیکنان خودی دارند.این شناخت با تکرار در تمرین و مسابقه در طول زمان به دست می‌آید. با تغییر مداوم نقش‌ها و مسئولیت‌ها بین همان ۱۵ بازیکن ثابت، هارمونی ذهنی تیم از بین می‌رود. اگر به اشتباهات فردی بازیکنان خط دفاعی استقلال در آسیا و لیگ نگاه کنیم این سردرگمی و تشویش ذهنی تیم کاملا آشکار است. در زمان بازپس گیری توپ و پرس تیمی هم این آنارشی و بی نظمی همچنان در استقلال مشهود است. اغلب فاصله بین خطوط تیم استاندارد نیست. و به دلیل عدم حمایت صحیح و درک درست از موقعیت تیم خودی و تیم حریف به راحتی پرس تیمی شکسته می‌شود.
در زمان بازیسازی یا بیلدآپ عقب زمین هم این تغییرات مداوم استقلال را زمین‌گیر کرده است. بازیکنان خط اول بازیسازی شامل مدافعان و هافبک‌های مرکزی بسیار بیشتر از استاندارد تغییر می‌کنند. در هر بازی یا نفرات عوض می‌شوند یا تغییر نقش و پوزیشن می‌دهند. نتیجه این عدم ثبات پایین آمدن اعتماد به نفس و ناآمادگی ذهنی بازیکنان برای اجرای بازیسازی شده است.
بازیکنان استقلال در این فصل بیش از هر چیز قربانی عدم ثبات شده‌اند. تعویض مربی و تغییر فلسفه بازی از یک سو و تغییرات مداوم سیستم و طراحی بازی که هم فکری و هم مجیدی به آن اصرار داشتند و دارند از سوی دیگر، ذهنیت تیمی و فردی بازیکنان استقلال را به هم ریخته است.
البته غیبت چند مهره اصلی و خستگی ناشی از تورنمنت فرسایشی باشگاه‌های آسیا در شکست مقابل ذوب‌آهن بی تاثیر نبود. ولی با توجه به موقعیت جدولی استقلال و توقف رقبای مستقیم، شکستی تلخ و بد موقع برای هواداران استقلال به حساب می‌آید. به جز تلخی، این شکست برای فرهاد مجیدی و کادر فنی جوان استقلال که اتفاقا نشان داده‌اند، تئوری فوتبال را خوب می‌دانند، احتمالا درس مهمی هم داشته باشد: درس واقع‌گرایی
کادرفنی استقلال باید تصمیم خود را بگیرند. استقلال به یک چیدمان پایه و نهایتا یک آرایش آلترناتیو نیاز دارد که با اصرار و تکرار در تمرینات و مسابقات پایه ریزی و اجرا شود. آرایشی منطبق بر توانایی‌ها و قابلیت‌های واقعی تیم. نه بر اساس ایده‌آل‌های دنیای فانتزی.