عملکرد فرشید باقری در زمان حضور علیرضا منصوریان در استقلال با انتقاداتی همراه بوده است ولی از زمان حضور شفر او یکی از مهره های تاثیرگذار استقلال است فرشید باقری از زمانی که شفر به عنوان سرمربی استقلال انتخاب شد به یک بازیکن تاثیرگذار در تیمش تبدیل شد و در لیگ قهرمانان آسیا هم نمایش درخشانی در ترکیب استقلال داشت.
در ۱۵ خرداد ۱۳۹۵ باشگاه استقلال تهران توانست در رقابت با سایر تیم‌ها بر سر جذب باقری به پیروزی برسد و قراردادی ۲ ساله با این بازیکن به امضا برساند.
قرارداد فرشید باقری‌ در پایان فصل به پایان رسیده است و عدم تمدید قرارداد او با استقلال باعث شده شایعاتی در مورد جدایی او منتشر شود. با این حال گفته می شود فرشید باقری تمایل دارد قرارداد خود را با استقلال تمدید کند و در صورتی که خواسته های او اجرا شود، احتمالا ظرف روزهای آینده قرارداد خود را تمدید می کند.