سال 95 برای امیر قلعه نویی خوب شروع شد؛ او تیمی را از تونی اولیویرا تحویل گرفته بود که کاندیدای سقوط به دسته اول بود اما با اضافه کردن چند بازیکن این تیم را تا مرز کسب سهمیه آسیایی جلو آورد. تراکتورسازی تحت هدایت قلعه نویی برای لیگ شانزدهم نیز نفرات قدرتمندی را به خدمت گرفت و برای کسب عنوان قهرمانی گام بزرگی برداشت. همه چیز خوب پیش می رفت تا اینکه بحث محرومیت از نقل و انتقالات توسط فیفا پیش آمد و این مساله آغاز ناکامی های تراکتورسازی بود. قطعا سال 95 برای امیر قلعه نویی از نظر فوتبالی خوب تمام نشد وشاید تنها خبر خوشحال کننده برای او انتخابش به عنوان برترین مربی فوتبال ایران بود. قلعه نویی اگرچه بابت گذشته و افتخاراتش احساس خوبی دارد ولی هنوز از خیلی ها ناراحت است و دل پری از برخی افراد دارد. خودش می گوید دست خیلی ها را گرفته اما همان افراد دستش را گاز گرفتند. با این حال تنها آرزویش برای سال 96 عاقبت به خیری است.